北京中医药大学第三附属医院药学部是集药品采购供应、临床调剂、药学服务和药事管理为一体的综合性医技科室。科室目前下设门诊西成药房、中药房、急诊药房、中心药房、中/西药库、临床药学室等部门。共有在职员工60余人，高级职称2人，副高级职称1人，中级职称30人；国医大师金世元弟子2名，全国中药特色技术传承人才2名，北京市特色技术传承人才5名。       

近年来，药学部积极落实国家政策，保障药品供应。顺应医改政策，推进从传统药品供应模式向以患者为中心的药学服务模式转型，全面开展临床药学服务，包括处方医嘱点评、药学门诊、药品不良反应监测、临床药学监护等工作。

在学科建设方面，先后获得北京市规范化药房、北京市示范中药房等荣誉称号，是国家中医药管理局国家中医重点专科协作组成员单位，为国医大师金世元学术传承服务示范基地、国医大师颜正华名老中医工作室分站、张冰教授药医研教传承工作室、北京中医药大学临床中药实习基地。

药学部密切结合我院临床药学学科发展规划，深入开展以中、西药物的临床合理用药相关研究，致力于提供符合伦理和职业标准的药学服务，确保患者用药安全。