针灸科成立于2007年，已打造成为集诊疗、康复、教学、科研于一体的中医特色科室，现有知名专家2名，高级职称6名，博士后1名、博士3名、硕士7名，科室人员年富力强、专业素养深厚、临床经验丰富，近年来主持国家自然科学基金、北京市自然科学基金等国家级及省部级课题多项。科室先后成立了“国医大师程莘农院士智能传承工作站”，“寿小云名医传承工作站”，是医院具有中医传统特色的重点发展临床学科之一。

科室注重特色建设，秉持“以患者为中心”的服务理念，依据每位患者的具体病情、体质差异，量身定制个性化治疗方案。十几年来开展了独具特色的针灸治疗方法，包括穴位埋线、火针、气功针法、刺络放血、耳针、耳穴压丸、穴位贴敷、中药熏蒸、耳石症手法复位等。诊疗范围涵盖内、外、妇、儿、骨伤、皮肤等多个领域疾病。

在疼痛类病症方面，包括颈椎病、腰椎间盘突出症、肩周炎、膝关节炎、头痛、三叉神经痛、坐骨神经痛等。在神经系统疾病上，包括中风后遗症、面瘫、失眠、耳鸣、眩晕等。此外还广泛应用于消化系统疾病（如胃痛、胃胀、便秘、腹泻）、妇科疾病（月经不调、痛经、盆腔炎）、皮科疾病（带状疱疹、荨麻疹、痤疮、湿疹）以及亚健康调养（埋线减肥）等。