北京中医药大学第三附属医院药学部是一支由国医弟子、国家及北京市中药骨干人才（药师）、资深药师及充满激情活力的年轻药师组成的专业团队。负责全院的药事管理、新药遴选评估、中西药品供应与调剂、药品质量管理、临床药学服务、合理用药管理、医院药学研究以及药学人才培养等工作。目前药学部下设门诊西/成药房、中药房、急诊药房、中心药房、五棵松门诊部药房、(中)药库、煎药室、临床药学室8个部门。共有在职员工45人，高级职称3人，中级职称20人。其中硕士研究生4人，本科32人，大专及以上学历人员占全科总人数的97.8%。

为适应医院药学发展，药学部的工作重心已由传统的以保障药品供应为主的工作模式逐步转变为以病人为中心的药学服务模式，积极开展药师下临床、处方医嘱点评、用药咨询、不良反应监测、抗菌药物专项治理、《药讯》编写等临床药学工作。以遵守相关法律、法规和规范，提供符合伦理和职业标准的临床药学服务，保证病人用药安全、有效、经济作为新的工作目标。

药学部在医院党政领导班子的大力帮助和支持下，凝聚全体药师的聪明才智，学科建设得到了快速发展，医院药事管理工作展现出了新活力。在人才建设方面，有1名同志当选为北京首批中药骨干人才指导老师，3名同志当选为全国中药特色技术传承人才。在科室建设方面，现为北京市“示范中药房”、“颜正华临床中药学学科服务基地”、“北京中医药大学临床中药实习基地”、“临床药学国家中医重点专科协作组成员单位”、“薪火传承3+3”金世元名老中医工作室成员单位”。

在公众服务中，连续多年承办北京中医局继续教育项目、并参与北京市级、区级继续教育项目；走进社区、学校、机关，走进电视台、广播电台等，推进中医药知识科普的普及，提高广大群众的安全用药意识；积极开展对外交流，与美国、奥地利等医学专家团以及港澳台学生交流，不断浓厚中医药文化氛围。科研方面，密切结合我院临床药学学科发展规划，深入开展以中、西药物的临床合理应用为核心的各项研究，并注重与临床工作的衔接，以实现我院临床药学“最大受众化”的服务目标。近年来，承担国家级、省部级、市级、校级科研项目10余项，发表相关学术论文数十篇，增强了科室的学术影响力。